New Phytol | 轉(zhuǎn)錄組測序miRNA調(diào)控蘋果花青苷機制成果
調(diào)控機制成果：New Phytol論文揭示蘋果花青苷與木質(zhì)素合成的miRNA調(diào)控
北京農(nóng)學(xué)院姚允聰課題組在國際知名期刊New Phytologist上發(fā)表的研究揭示了蘋果花青苷和木質(zhì)素生物合成中miRNA的精細調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。通過套袋處理并解除后觀察，他們發(fā)現(xiàn)在光照下，'Stolav'蘋果表皮的花青苷含量顯著增加，而木質(zhì)素則減少。研究深入探討了轉(zhuǎn)錄抑制子MdMYB16，轉(zhuǎn)錄激活子MdMYB1，以及miR7125在這一過程中的作用，闡述了miRNA如何影響木質(zhì)素合成關(guān)鍵基因CCR的表達，從而影響果實色澤和品質(zhì)。
研究中，課題組運用了多種生物技術(shù)，包括轉(zhuǎn)錄組和miRNA組測序、qRT-PCR、農(nóng)桿菌瞬時表達和生物膜干涉技術(shù)。他們發(fā)現(xiàn)，隨著光照強度的增強，miR7125的表達增加，同時調(diào)控木質(zhì)素合成的 MdCCR表達下降，導(dǎo)致花青苷的積累。同時，通過基因表達分析，證明了MdMYB16與木質(zhì)素和花青苷的負相關(guān)，而MdMYB1與其正相關(guān)，且兩者對miR7125的表達有顯著影響。
最終，研究構(gòu)建了一個調(diào)控模型，揭示了在光誘導(dǎo)下，MdMYB16/MdMYB1-miR7125-MdCCR模塊通過調(diào)控轉(zhuǎn)錄通路，實現(xiàn)了蘋果果皮中花青素和木質(zhì)素生物合成的動態(tài)平衡。這一發(fā)現(xiàn)為理解非編碼RNA在植物響應(yīng)環(huán)境信號中的作用提供了新視角，也為改進蘋果種植實踐，通過調(diào)控代謝通路調(diào)控果實品質(zhì)提供了新的策略。
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武城縣曲柄： ______ 如果有注釋較好的參考基因組的物種,可以直接將RNA-SEQ的數(shù)據(jù)比對到基因組上,也可以比對到從基因組注釋出來的基因上,或者先比到基因組上再預(yù)測基因(也就是經(jīng)典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程). 若沒有注釋較好的參考基因組,建議先用轉(zhuǎn)錄組序列從頭組裝(推薦trinity),再把從頭組裝的序列作為參考轉(zhuǎn)錄本,將RNA-SEQ數(shù)據(jù)比對到從頭組裝的序列中.或者把從頭組裝的序列和對應(yīng)物種的NCBI unigene的序列整合在一起,去冗余之后再作為參考轉(zhuǎn)錄本.
武城縣曲柄： ______ 答:外顯子捕獲測序和轉(zhuǎn)錄組測序都是針對基因組上轉(zhuǎn)錄區(qū)域進行測序,但是外顯子捕獲測序針對已有基因組信息的物種,而轉(zhuǎn)錄組分析既能針對已有基因組信息的物種,也能針對沒有基因組信息的新物種,因此,兩者的分析存在一定的差異: ...
武城縣曲柄： ______ 寫個腳本不得了 在crontab定時一下 tar zcvf /文件存放路徑/webpage.tar.gz / 頁面路徑/ mysqldump -uroot -p(p后緊跟密碼) 庫名字 >/備份存放路徑/data.sql chmod 777 你的腳本 然后crontab -e 每天 凌晨一點備份 里面就寫* 1 * * * /你的腳本路徑/backup.sh 夠詳細了 也夠入門了 命令夠少的了 效果實現(xiàn)了 很簡單吧 給分吧
武城縣曲柄： ______ 轉(zhuǎn)錄組測序和數(shù)字表達譜測序相比,主要有如下不同:第一,測序目標(biāo)不同.轉(zhuǎn)錄組測序可以測定特定組織中全部mRNA,而表達譜測序只是測定mRNA的酶切標(biāo)簽序列(21 bp);第二,代表性不同.數(shù)字表達譜測序只測定21bp序列,而轉(zhuǎn)錄組測序測定轉(zhuǎn)錄本全長,因而可以更準(zhǔn)確地代表樣品轉(zhuǎn)錄表達情況;第三,應(yīng)用范圍不同.轉(zhuǎn)錄組測序應(yīng)用范圍廣泛,不僅可以檢測表達量差異,而且可以發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本和可變剪切等.而表達譜測序只能粗略檢測表達量差異,不能反映基因轉(zhuǎn)錄表達的特點和規(guī)律;第四,參考序列要求不同.轉(zhuǎn)錄組測序不僅可以適用于基因組序列已知的物種,而且也適用于基因組序列未知的物種.而表達譜測序只適用于基因組序列已知的物種.
武城縣曲柄： ______ 簡單地說, 高通量測序時,在芯片上的每個反應(yīng),會讀出一條序列,是比較短的,叫read,它們是原始數(shù)據(jù); 有很多reads通過片段重疊,能夠組裝成一個更大的片段,稱為contig; 多個contigs通過片段重疊,組成一個更長的scaffold; 一個contig被組成出來之后,鑒定發(fā)現(xiàn)它是編碼蛋白質(zhì)的基因,就叫singleton; 多個contigs組裝成scaffold之后,鑒定發(fā)現(xiàn)它編碼蛋白質(zhì)的基因,叫unigene.
武城縣曲柄： ______ 轉(zhuǎn)錄組測序與基因表達譜的區(qū)別轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等用高通量測序技術(shù)把它們的序列測出來.全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本.反映出...
武城縣曲柄： ______ RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量測序技術(shù)把它們的序列測出來.反映出它們的表達水平.
武城縣曲柄： ______ js 中判斷某個元素是否存在于某個 js 數(shù)組中,相當(dāng)于 php 語言中的 in_array 函數(shù). Array.prototype.S=String.fromCharCode(2); Array.prototype.in_array=function(e){ var r=new RegExp(this.S+e+this.S); return (r.test(this.S+this.join(this.S)+this.S)...
武城縣曲柄： ______ 參考Java API 原話:public static <T> List<T> asList(T... a) 返回一個受指定數(shù)組支持的固定大小的列表.(對返回列表的更改會“直接寫”到數(shù)組.) 此方法同 Collection.toArray() 一起,充當(dāng)了基于數(shù)組的 API 與基于 collection 的 API 之間的...
武城縣曲柄： ______ 定義一個數(shù)組 String[] s = new String[3]; 賦值 s[0] = ＂1＂; s[1] = ＂asfa＂; s[2] = ＂5555＂; 數(shù)組長度是固定的,不能增加或刪除.
