項目文章｜Nat. Commun.（IF=16.6）兩個T2T完美基因組揭示了辣椒進化和辣椒素生物合成的見解
北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院陳為凱助理研究員、科研助理王祥鋒、孫杰、王欣蕊與華南農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院朱張生副教授為論文共同第一作者，北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院郭立研究員和何航研究員為論文共同通訊作者。北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院、 清華-北大生命科學(xué)聯(lián)合中心鄧興旺教授、北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院張興平研究員和李博生研究員參與了該項工作。
發(fā)表期刊：Nature Communications（IF=16.6）
發(fā)表時間：2024年5月20日
研究結(jié)果：該研究成功組裝了兩個端粒到端粒的無缺口辣椒基因組，這些T2T基因組資源將顯著推動辣椒精準分子育種和辣椒素合成生物學(xué)等核心技術(shù)發(fā)展，促進辣椒食用、觀賞、藥用價值的開發(fā)利用。在研究中，三代長讀長、Hi-C、Illumina和ATAC-seq等建庫測序服務(wù)由諾禾致源提供。
辣椒（Capsicum spp.）是茄科（Solanaceae）的一員，是全球廣泛種植的蔬菜作物，以其辛辣的果實著稱，辛辣味主要由辣椒素引起。辣椒素的合成途徑目前仍不完全明了。盡管已發(fā)布了至少23個栽培辣椒的基因組序列，野生辣椒的基因組序列相對稀缺。已發(fā)布的辣椒基因組存在大量缺口和組裝錯誤，并且缺少完整的著絲粒和端粒，這使得辣椒功能基因組研究面臨挑戰(zhàn)。因此，生成端粒到端粒（T2T）的無缺口基因組序列對于改進辣椒的精確遺傳特性以及解析辣椒素和其他天然代謝產(chǎn)物的完整合成通路至關(guān)重要。
研究思路和主要本研究使用多種測序技術(shù)完成了C. annuum和C. rhomboideum的T2T無缺口基因組組裝。研究結(jié)果顯示，C. annuum（CaT2T）包含12條染色體，基因組大小為3.1 Gb，contig N50為262.6 Mb； C. rhomboideum（CrT2T）包含13條染色體，基因組大小為1.7 Gb ，contig N50為146.0 Mb。基因組驗證和注釋顯示，這兩個基因組具有很高的準確度和完整度，重復(fù)序列占較大比例。辣椒的著絲粒廣泛受到CRM逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的侵入，著絲粒缺乏高拷貝的衛(wèi)星重復(fù)序列，而被Gypsy-LTR廣泛入侵。此外，辣椒素生物合成途徑的進化史也被揭示，包括辣椒屬與酸漿屬（Physalis）的親緣關(guān)系、辣椒素生物合成途徑的起源時間以及轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳活性在著絲粒和端粒區(qū)域的發(fā)現(xiàn)。辣椒素的生物合成具有高度的組織特異性，僅在果實的胎座中進行，研究通過多組學(xué)分析揭示了辣椒素生物合成基因組織特異性共表達的可能的表觀遺傳機制。
該研究首次公布了C. annuum和C. rhomboideum兩個辣椒T2T無缺口基因組，系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)和多組學(xué)研究揭示了辣椒果實中辣椒屬特有的和胎座組織特異性積累的辣椒素的進化機制。新T2T基因組資源為作物基因組研究設(shè)定了新的里程碑，將加速辣椒功能基因組學(xué)研究和精確改良。
諾禾致源在基因組學(xué)領(lǐng)域持續(xù)深化全球化布局，提供全球區(qū)域化服務(wù)能力，堅持以客戶為中心，扎根全球本地客群，持續(xù)拓展服務(wù)范圍和服務(wù)能力。在T2T（完美基因組）、圖形泛基因、超大基因組及基因組多組學(xué)等經(jīng)典領(lǐng)域發(fā)表了高分文章，并積累了豐富的技術(shù)成果，包括獲得北京市新技術(shù)新產(chǎn)品證書1項、擁有專利授權(quán)18項、軟件著作權(quán)40余項，全年在國際期刊合作發(fā)表論文138篇，累計影響因子超過1070。諾禾致源致力于構(gòu)建1000+物種的基因組圖譜，提供更加優(yōu)質(zhì)、穩(wěn)定、高效的科學(xué)研究服務(wù)，向著成為全球領(lǐng)先的基因科技產(chǎn)品和服務(wù)提供者的目標不斷邁進。
[1]Chen, W., Wang, X., Sun, J. et al. Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into Capsicum evolution and capsaicinoid biosynthesis. Nat Commun 15, 4295 (2024).
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遵義市徑向： ______ 根據(jù)最新的考務(wù)通知中提到,初級《通信專業(yè)實務(wù)》為主觀題,也是我們平常說的問答題,需要考生使用黑色墨水筆在答題紙上規(guī)定的位置作答.
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學(xué)耐18314004178： 怎么在別人的博客留悄悄話?
遵義市徑向： ______ 如何和別人說悄悄呢?其實很簡單. 首先登陸自己的博客,想要給別人留言首先要登陸自己的博客才可以.輸入“登錄名”“密碼”和“驗證碼”后點擊“登錄”. 打開你想留言的博客,在側(cè)邊欄的“活動地帶”中點擊“給我留言”. 將留言頁面拉至最底,出現(xiàn)留言框.輸入驗證碼,寫好留言內(nèi)容,這時如果你想讓所有博友都可以看到你給博客主人的留言,就可以點擊“發(fā)表留言”發(fā)表,如果你只想讓博客主人一個人看到,勾選驗證碼右側(cè)的“悄悄話方式”勾選框,然后點擊“發(fā)表留言”發(fā)表.
學(xué)耐18314004178： 如何建立博客網(wǎng)站?
遵義市徑向： ______ 怎樣建立自己的博客 “博客”是英文單詞Blog的譯音.Blog是Weblog的簡稱,中文意思是“網(wǎng)絡(luò)日志”.人們通常把撰寫B(tài)log的人稱為Blogger,也翻譯為“博客”.因此,“博客”既可以指撰寫網(wǎng)絡(luò)日志這種行為,也可以指撰寫網(wǎng)絡(luò)日志的人...
學(xué)耐18314004178： 有計算字數(shù)的工具嗎?我想算下文章多少字,有不包括標點的嗎? -
遵義市徑向： ______ WORD軟件的工具欄中有字數(shù)統(tǒng)計一項,試下看
學(xué)耐18314004178： 在word中,給文章某兩個段落添加實心圓項目符號,怎么弄? -
遵義市徑向： ______ 首先將你所要添加實心圓項目的段落選中,然后選擇格式菜單下的項目符號和編號選項,選擇實心圓項目符號即可添加成功.
學(xué)耐18314004178： WORD中怎樣一鍵復(fù)制整篇文章 -
遵義市徑向： ______ ctrl+a 全選后 ctrl+c復(fù)制 ctrl+v黏貼
學(xué)耐18314004178： 跪求關(guān)于美國日常生活的英語文章,用英文寫的 -
遵義市徑向： ______ Translation studies As we all know, translation means communication. It is important to our daily life. When we want to communicate with others, At first, We must translateone language into another. But, translation is a complex process. Because ...
學(xué)耐18314004178： 有沒有什么文件能快速算出一篇文章的字數(shù) -
遵義市徑向： ______ 樓主,word有這個功能的.你把文章復(fù)制到word2003,然后單擊菜單欄上面的“工具”——“字數(shù)統(tǒng)計”..就可以直接看到字數(shù)了...或者word2007..直接在底部就能顯示字數(shù)
學(xué)耐18314004178： 如何添加博客模塊?
遵義市徑向： ______ 一、如何在BLOG文章中加自定義視頻代碼: 第一步、登陸自己的博客 第二步、點擊發(fā)表文章選項 第三步、點選顯示源代碼 第四步、復(fù)制下面的代碼到文章里面,注意用你選中的視頻地址,替換代碼中的視頻鏈接地址.
發(fā)表期刊：Nature Communications（IF=16.6）
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研究思路和主要本研究使用多種測序技術(shù)完成了C. annuum和C. rhomboideum的T2T無缺口基因組組裝。研究結(jié)果顯示，C. annuum（CaT2T）包含12條染色體，基因組大小為3.1 Gb，contig N50為262.6 Mb； C. rhomboideum（CrT2T）包含13條染色體，基因組大小為1.7 Gb ，contig N50為146.0 Mb。基因組驗證和注釋顯示，這兩個基因組具有很高的準確度和完整度，重復(fù)序列占較大比例。辣椒的著絲粒廣泛受到CRM逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的侵入，著絲粒缺乏高拷貝的衛(wèi)星重復(fù)序列，而被Gypsy-LTR廣泛入侵。此外，辣椒素生物合成途徑的進化史也被揭示，包括辣椒屬與酸漿屬（Physalis）的親緣關(guān)系、辣椒素生物合成途徑的起源時間以及轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳活性在著絲粒和端粒區(qū)域的發(fā)現(xiàn)。辣椒素的生物合成具有高度的組織特異性，僅在果實的胎座中進行，研究通過多組學(xué)分析揭示了辣椒素生物合成基因組織特異性共表達的可能的表觀遺傳機制。
該研究首次公布了C. annuum和C. rhomboideum兩個辣椒T2T無缺口基因組，系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)和多組學(xué)研究揭示了辣椒果實中辣椒屬特有的和胎座組織特異性積累的辣椒素的進化機制。新T2T基因組資源為作物基因組研究設(shè)定了新的里程碑，將加速辣椒功能基因組學(xué)研究和精確改良。
諾禾致源在基因組學(xué)領(lǐng)域持續(xù)深化全球化布局，提供全球區(qū)域化服務(wù)能力，堅持以客戶為中心，扎根全球本地客群，持續(xù)拓展服務(wù)范圍和服務(wù)能力。在T2T（完美基因組）、圖形泛基因、超大基因組及基因組多組學(xué)等經(jīng)典領(lǐng)域發(fā)表了高分文章，并積累了豐富的技術(shù)成果，包括獲得北京市新技術(shù)新產(chǎn)品證書1項、擁有專利授權(quán)18項、軟件著作權(quán)40余項，全年在國際期刊合作發(fā)表論文138篇，累計影響因子超過1070。諾禾致源致力于構(gòu)建1000+物種的基因組圖譜，提供更加優(yōu)質(zhì)、穩(wěn)定、高效的科學(xué)研究服務(wù)，向著成為全球領(lǐng)先的基因科技產(chǎn)品和服務(wù)提供者的目標不斷邁進。
[1]Chen, W., Wang, X., Sun, J. et al. Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into Capsicum evolution and capsaicinoid biosynthesis. Nat Commun 15, 4295 (2024).
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