組學(xué)前沿:原核DNA甲基化簡述|文獻(xiàn)科普
在細(xì)菌中,DNA甲基化主要調(diào)節(jié)特定DNA-蛋白質(zhì)相互作用的信號,通過DNA甲基化酶和DNA結(jié)合蛋白的協(xié)同作用,阻斷目標(biāo)甲基化位點的甲基化。目標(biāo)位點的甲基化狀態(tài)決定其是否被抑制蛋白結(jié)合,進(jìn)而影響基因表達(dá),微生物與環(huán)境的相互作用。這一過程為細(xì)菌形成特定的DNA甲基化特征,決定哪些基因被表達(dá)。
DNA甲基化在細(xì)菌中的起源可以追溯到1953年對噬菌體感染細(xì)菌的實驗,發(fā)現(xiàn)DNA甲基化作為一種防御機(jī)制,保護(hù)細(xì)菌DNA免受噬菌體外源DNA侵害。這一防御機(jī)制被稱為限制性修飾系統(tǒng)(R-M系統(tǒng)),包括DNA甲基轉(zhuǎn)移酶和限制性內(nèi)切核酸酶。R-M系統(tǒng)通過識別并甲基化特定序列,同時切割未甲基化的序列,實現(xiàn)自身DNA的保護(hù)。
細(xì)菌中的限制性修飾系統(tǒng)分為四種類型,分別以功能特性命名:Type I、Type II、Type III和Type IV。其中,Type I系統(tǒng)較為復(fù)雜,由限制性核酸內(nèi)切酶和甲基轉(zhuǎn)移酶亞基組成,識別并切割特定基序。Type II系統(tǒng)最為常見,包括限制酶和甲基轉(zhuǎn)移酶,對CpG序列進(jìn)行甲基化和切割。Type III系統(tǒng)由兩個基因表達(dá)產(chǎn)物組成,分別為限制酶和DNA甲基轉(zhuǎn)移酶,同樣識別并切割特定序列。Type IV系統(tǒng)則將甲基轉(zhuǎn)移酶和內(nèi)切酶結(jié)合為單酶,僅切割已發(fā)生甲基化的堿基。
研究發(fā)現(xiàn),超過90%的原核生物中存在DNA甲基化,600多個甲基轉(zhuǎn)移酶的多樣性表明了原核生物中廣泛存在的甲基化修飾。原核生物中的DNA甲基化參與基因組調(diào)控,對生物的生理生化過程至關(guān)重要,如調(diào)節(jié)毒力、抗生素耐藥性、適應(yīng)環(huán)境變化等。
真核生物中的DNA甲基化主要在胞嘧啶堿基上進(jìn)行,涉及基因表達(dá)調(diào)控、胚胎發(fā)育、基因組印跡和X染色體失活等過程。在哺乳動物中,DNA甲基化普遍存在,尤其是CpG二核苷酸的甲基化。真核生物中DNA甲基化分為從頭甲基化和維持甲基化兩種模式。從頭甲基化涉及胚胎形成和細(xì)胞分化過程,由DNMT3a和DNMT3b等甲基轉(zhuǎn)移酶參與。維持甲基化則通過DNM1等酶保持已建立的甲基化模式。
DNA甲基化在真核生物和原核生物中均具有保護(hù)功能,如在人類和嚙齒動物中,插入的病毒序列通過甲基化沉默。這一過程在生物進(jìn)化中表現(xiàn)出保守性。在疾病研究中,DNA甲基化與多種疾病狀態(tài)相關(guān),包括癌癥、狼瘡、肌營養(yǎng)不良癥、先天缺陷以及心血管疾病等。
了解DNA甲基化的全面知識對揭示生命科學(xué)的奧秘至關(guān)重要。通過深入研究,我們有望在基因表達(dá)調(diào)控、疾病預(yù)防與治療等領(lǐng)域取得突破性進(jìn)展。
基因?qū)θ梭w作用
DNA檢驗可彌補(bǔ)血清學(xué)方法的不足,故受到了法醫(yī)物證學(xué)工作者的高度關(guān)注,近幾年來,人類基因組研究的進(jìn)展...作為最前沿的刑事生物技術(shù),DNA分析為法醫(yī)物證檢驗提供了科學(xué)、可靠和快捷的手段,使物證鑒定從個體排除...這是由于 MNNG引起的DNA鏈上的鳥嘌呤甲基化誘導(dǎo)合成甲基受體蛋白,這種甲基受體蛋白分子的半胱氨酸能和...
限制性內(nèi)切核酸酶的作用部位?
根據(jù)限制酶的結(jié)構(gòu),輔因子的需求切位與作用方式,可將限制酶分為三種類型,分別是第一型(Type I)、第二型(Type II)及第三型(Type III)。Ⅰ型限制性內(nèi)切酶既能催化宿主DNA的甲基化,又催化非甲基化的DNA的水解;而Ⅱ型限制性內(nèi)切酶只催化非甲基化的DNA的水解。Ⅲ型限制性內(nèi)切酶同時具有修飾及...
真核生物基因的轉(zhuǎn)錄過程和調(diào)控方式有哪些
一種假說認(rèn)為,真核基因與原核基因相同,均擁有直接作用在RNA聚合酶上或聚合酶競爭DNA結(jié)合區(qū)的轉(zhuǎn)錄因子,第二種假說認(rèn)為,轉(zhuǎn)錄調(diào)控是通過各種轉(zhuǎn)錄因子及反式作用蛋白對特定DNA位點的結(jié)合與脫離引起染色質(zhì)構(gòu)象的變化來實現(xiàn)的。真核生物DNA嚴(yán)密的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)及其在核小體上的超螺旋結(jié)構(gòu),決定了真核基因表達(dá)與DNA高級結(jié)構(gòu)變化...
反義rna抑制基因表達(dá)的作用體現(xiàn)在那四個方面
2019年4月4日,來自美國哥倫比亞大學(xué)的Tom Maniatis教授在 Cell 上發(fā)表研究Antisense lncRNA Transcription Mediates DNA Demethylation to Drive Stochastic Protocadherin a Promoter Choice。該研究首次發(fā)現(xiàn)反義lncRNA的轉(zhuǎn)錄可以影響DNA甲基化,進(jìn)而改變?nèi)旧w結(jié)構(gòu),促進(jìn)增強(qiáng)子與啟動子的結(jié)合,調(diào)控Pcdhα基因的表達(dá)...
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