【單細胞轉錄組】將序列UMI映射到細胞聚類分群
10X V5轉錄組vdj分析中，因為有 一段特殊基因序列比對不上參考基因組 ，所以bam文件沒有這個barcode信息。需要把R2的這段序列，根據(jù)序列ID從R1中找出 R2序列與R1 barcode和UMI的 對應關系，然后做UMI去重，統(tǒng)計數(shù)量，然后再 映射到細胞聚類圖中去看看這個序列的UMI表達量
根據(jù)文庫結構
將目標序列作為比對參考模板，用R2文件進行blast比對，從比對結果中篩選出從3'到5’方向的，因為10X V5轉錄組的R2的測序方向就是3’到5’，然后再篩選出比對上序列長度大于等于85nt的子集，獲得比對上fastq R2測序文件的reads的ID信息， 再通過seqtk工具查詢在 fsatq R1文件根據(jù)ID提取出相應的序列信息。
從查詢出來的序列中提取序列前1到16nt獲取barcode，17到28nt獲得UMI信息，經(jīng)過barcode和UMI的序列去重、統(tǒng)計、分群的標簽映射
流程圖：
序列模板---->R2 blast比對----->過濾&提取ID---->seqtk提取R1序列--->barcode和UMI的序列去重-->數(shù)據(jù)統(tǒng)計--->分群的標簽映射---->UMI表達量可視化分析
R:
Linux:
R:
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轉錄組數(shù)據(jù)定量歸一化
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單細胞轉錄組數(shù)據(jù)分析流程(下)
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10X genomics單細胞轉錄組分析流程
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單細胞轉錄組分析的流程是怎樣的?
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